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Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

马来酰亚胺(maleimide)是生物标记反应中常用的基团，它可以和巯基(-SH)通过亲和加成反应生成稳定的巯醚(thioester)结构从而实现标记。尽管胺基(比如赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺选择性标记巯基(反应速度比胺基快>1000倍)。标记反应反应迅速，选择性高，产率好，另外，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比如蛋白中的半胱氨酸(cysteine)和双硫键等，因此马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)标记已成为仅次于NHS/胺基标记的最常用生物连接反应。

Cy3.5-马来酰亚胺的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素，即磺化Cy3.5-马来酰亚胺。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

Cy3.5-马来酰亚胺标记后的产物Ex/Em是591nm/604nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Texas Red，Alexa Fluor 594,BODIPY TR,DyLight 594等。

分子式	C44H47ClN4O3
分子量	715.32
结构式
光谱特性	Ex/Em＝591/604nm (PBS缓冲液)
消光系数	116000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.35
外观	深紫色固体
溶解性	可溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，难溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy3.5-马来酰亚胺水溶性较低，标记反应可在有机溶剂中进行或者含有机助溶剂的水相中进行。
  
• 天然生物分子中巯基一般于氧化状态(如双硫键)存在，在马来酰亚胺标记前，务必用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除去多余还原剂。
  
• 马来酰亚胺也可以和叠氮化合物反应，应避免叠氮官能团。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。